根據《財政部 農業部關于調整完善農業三項補貼政策的指導意見》（財農〔2015〕31號）和《財政部 農業部 銀監會關于財政支持建立農業信貸擔保體系的指導意見》（財農〔2015〕121號）的要求，為加快建立我省農業信貸擔保體系，轉變云南農業發展方式，提高財政支農政策效能，引導金融資源加大 “三農”投入，經省人民政府批準，授權省財政廳履行出資人職責，2016年4月15日成立云南省農業信貸擔保有限公司，公司性質為省屬國有獨資企業。2020年1月9日，公司更名為云南省農業融資擔保有限公司，現公司注冊資本金規模為29.77億元。截至2023年6月末，公司在保余額251.98億元，在保項目戶數9.87萬戶，累計擔保金額457.36億元，擔保項目戶數15.85萬戶。

公司積極深化對外合作，建立“政銀擔”合作機制，構建起聯合支持農業產業發展的格局。截至2023年6月末，公司共與186家金融機構簽訂合作協議，獲得授信額度超過500億元。并與14個州（市）、90個縣（市、區）政府建立政擔合作關系。2022年6月1日起，公司對已構建30%風險分擔的縣（市、區）的新型農業經營主體實行“零費率”財政惠農政策。

公司不斷建立健全農擔體系，加強隊伍建設，完善基層服務能力。截至2023年6月末，公司沒有下屬企業及子公司，在全省16個州（市）設立了38個分支機構。公司立足網點，輻射周邊，各分支機構均配備了專職工作人員，實現了機構、業務和人員的全面下沉，實現全省129個縣（市、區）擔保業務全覆蓋。

公司堅持“貼農、為農、惠農、不脫農”的指導思想和“專注農業”的總體思路，認真貫徹落實省委省政府和省財政廳要求部署，進一步發揮農業信貸擔保體系政策性支農作用，為鞏固脫貧攻堅成果，銜接推進鄉村振興、實施農村居民和脫貧人口持續增收作出更多貢獻。